|
|
Analýza dat ze sekvenování příští generace ke studiu aktivity transposonů v nádorových buňkách
Hrazdilová, Ivana ; Čegan,, Radim (oponent) ; Eduard, Kejnovský (vedoucí práce)
Teoretická část diplomové práce poskytuje stručnou charakteristiku lidských mobilních genetických elementů (transposonů), které tvoří přibližně 50% lidského genomu a jsou schopny “skákat” z místa na místo. Jsou zde popsány základní rozdělení a typy transposonů přítomné v lidském genomu, mechanismy jejich šíření, aktivace a umlčování. Práce se také věnuje tzv. domestikaci transposonů, popisuje způsoby jakými TE přispívají k poškození DNA a shrnuje nemoci způsobené mutagenní aktivitou transposonů v lidském genomu. Závěr teoretické části je věnován technologiím sekvenace příští generace (NGS). V praktické části byla analyzována data z RNA-seq experimentu, pomocí kterých byla srovnána aktivita transposonů v normálních a rakovinných buňkách prostaty a tlustého střeva. K analýze byly použity jak veřejně dostupné sofistikované nástroje (TopHat), tak vlastní skripty. Výsledky dokazují, že u rakovinných buněk dochází ke zvýšené expresi transposonů, což koresponduje s publikovanými výsledky a naznačuje souvislost aktivity transposonů se vznikem rakoviny.
|
|
|
Detekce mobilních genetických elementů pomocí číslicového zpracování genomických signálů
Nováková, Jarmila ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Práce se zabývá mobilními genetickými elementy. Je zaměřena na jejich vlastnosti využitelné pro jejich detekci. Zároveň se věnuje problematice transformace symbolické sekvence do numerické formy. Jsou vysvětleny klasifikace mobilních genetických sekvencí, popsány základní typy mobilních genetických sekvencí, principy numerických map a detekce v symbolické reprezentaci Je zpracována konverze symbolických genetických sekvencí dle zvolené numerické mapy a provedena analýza vlastností mobilních genetických elementů v numerické reprezentaci pro návrh detektoru. Na závěr je vytvořena knihovna motivů používaná navrženým detektorem.
|
|
|
Detailní analýza genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií
Vancová, Kateřina ; Schwarzerová, Jana (oponent) ; Čejková, Darina (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá detailní analýzou genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií. Antimikrobiální rezistence (AMR) u bakterií je celosvětově rostoucí hrozbou pro veřejné zdraví. U těchto bakterií jsou geny AMR často spojeny s mobilními genetickými elementy (MGE), které pod- porují jejich mobilitu a umožňují jim rychlé šíření mezi různými bakteriemi. V práci je popsán horizontální přenos genetické informace, problematika antimikrobiální rezistence a databáze pro detekci genů AMR a MGE. Poté byla provedena detekce a analýza genů AMR a MGE u zástupců anaerobních bakterií. Téměr polovina z nich obsahovala alespoň 1 gen AMR, celkem 112 různých genů. Poté bylo detekováno 66 různých MGE, 4 z nich přenášely 6 různých detekovaných genů AMR.
|
|
|
Detailní analýza genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií
Vancová, Kateřina ; Schwarzerová, Jana (oponent) ; Čejková, Darina (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá detailní analýzou genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií. Antimikrobiální rezistence (AMR) u bakterií je celosvětově rostoucí hrozbou pro veřejné zdraví. U těchto bakterií jsou geny AMR často spojeny s mobilními genetickými elementy (MGE), které pod- porují jejich mobilitu a umožňují jim rychlé šíření mezi různými bakteriemi. V práci je popsán horizontální přenos genetické informace, problematika antimikrobiální rezistence a databáze pro detekci genů AMR a MGE. Poté byla provedena detekce a analýza genů AMR a MGE u zástupců anaerobních bakterií. Téměr polovina z nich obsahovala alespoň 1 gen AMR, celkem 112 různých genů. Poté bylo detekováno 66 různých MGE, 4 z nich přenášely 6 různých detekovaných genů AMR.
|
|
|
Genetic basis of multidrug resistance in Acinetobacter baumannii
Křížová, Lenka ; Nemec, Alexandr (vedoucí práce) ; Higgins, Paul (oponent) ; Šmajs, David (oponent)
Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta Katedra genetiky a mikrobiologie Studijní program: Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie Genetický základ multirezistence u Acinetobacter baumannii Lenka Křížová Školitel: Doc. RNDr. Alexandr Nemec, Ph.D. Konzultant: RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. Praha 2014 SOUHRN Acinetobacter baumannii je významný původce infekcí u pacientů v nemocniční péči. Rostoucí podíl multirezistentních a panrezistentních kmenů tohoto druhu se v posledním desetiletí stal celosvětovým problémem. Z populačně-genetického hlediska je významné, že tyto kmeny náležejí pouze do několika klonálních linií, tzv. Evropských klonů I, II a III. Odolnost těchto kmenů vůči původně účinným antimikrobním látkám je dána jejich schopností účinně vyvíjet, získávat a kombinovat nejrůznější mechanismy rezistence. Tato dizertační práce obsahuje šest studií, které přispěly k rozšíření znalostí o epidemiologii a genetice multirezistence u A. baumannii. První studie se zabývá epidemiologií rezistence ke karbapenemům u nemocničních kmenů acinetobakterů. Nárůst této rezistence v letech 2005-2006 byl spojen s rozšířením kmenů A. baumannii náležejícím k Evropskému klonu II a hlavním mechanismem této rezistence byla zvýšená exprese druhově inherentního genu pro OXA-51. U studovaných kmenů byla dále...
|
|
|
SCCmec a jiné mobilní genetické elementy spojené s rezistencí k meticilinu u stafylokoků.
Kubištová, Lucie ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Plocek, Vítězslav (oponent)
Stafylokoky jsou běžnou součástí lidské flóry, ale jsou také nebezpečnými patogeny. Mezi stafylokoky je velmi rozšířená rezistence k meticilinu. Za rezistenci k meticilinu je odpovědný gen mecA uspořádaný do mec komplexu, který je součástí mobilního genetického elementu - stafylokokové chromozomové kazety SCCmec. SCCmec je rozsáhlý variabilní mobilní genetický element, je vždy tvořen třemi částmi, kterými jsou mec komplex, ccr komplex a J oblasti. Komplex mec obsahuje gen mecA a jeho regulační geny mecR1 a mecI. Komplex ccr kóduje geny pro rekombinázy, které jsou odpovědné za vystřižení a vložení SCCmec kazety. J oblasti jsou zbývající části SCCmec kazet, které obsahují další mobilní genetické elementy, ty mají buď přímý vliv na expresi genů pro rezistence k meticilinu, nebo nesou geny pro rezistence k jiným antimikrobiálním látkám. Celá kazeta nebo její součásti se mohou rozšiřovat horizontálním přenosem genů mezi stafylokoky stejného druhu i mezidruhově, i když mechanizmus přenosu je stále nejasný. V současnosti je popsáno celkem jedenáct typů SCCmec kazet. V této práci jsem shrnula poznatky o molekulárním složení SCCmec, horizontálním přenosu genů odpovědných za rezistenci k meticilinu a molekulární evoluci SCCmec. Mobilní genetické elementy hrají klíčovou roli pro evoluci a adaptaci bakterií....
|
|
|
Detekce mobilních genetických elementů pomocí číslicového zpracování genomických signálů
Nováková, Jarmila ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Práce se zabývá mobilními genetickými elementy. Je zaměřena na jejich vlastnosti využitelné pro jejich detekci. Zároveň se věnuje problematice transformace symbolické sekvence do numerické formy. Jsou vysvětleny klasifikace mobilních genetických sekvencí, popsány základní typy mobilních genetických sekvencí, principy numerických map a detekce v symbolické reprezentaci Je zpracována konverze symbolických genetických sekvencí dle zvolené numerické mapy a provedena analýza vlastností mobilních genetických elementů v numerické reprezentaci pro návrh detektoru. Na závěr je vytvořena knihovna motivů používaná navrženým detektorem.
|
|
|
Analýza dat ze sekvenování příští generace ke studiu aktivity transposonů v nádorových buňkách
Hrazdilová, Ivana ; Čegan,, Radim (oponent) ; Eduard, Kejnovský (vedoucí práce)
Teoretická část diplomové práce poskytuje stručnou charakteristiku lidských mobilních genetických elementů (transposonů), které tvoří přibližně 50% lidského genomu a jsou schopny “skákat” z místa na místo. Jsou zde popsány základní rozdělení a typy transposonů přítomné v lidském genomu, mechanismy jejich šíření, aktivace a umlčování. Práce se také věnuje tzv. domestikaci transposonů, popisuje způsoby jakými TE přispívají k poškození DNA a shrnuje nemoci způsobené mutagenní aktivitou transposonů v lidském genomu. Závěr teoretické části je věnován technologiím sekvenace příští generace (NGS). V praktické části byla analyzována data z RNA-seq experimentu, pomocí kterých byla srovnána aktivita transposonů v normálních a rakovinných buňkách prostaty a tlustého střeva. K analýze byly použity jak veřejně dostupné sofistikované nástroje (TopHat), tak vlastní skripty. Výsledky dokazují, že u rakovinných buněk dochází ke zvýšené expresi transposonů, což koresponduje s publikovanými výsledky a naznačuje souvislost aktivity transposonů se vznikem rakoviny.
|
host ::
RSS.